La Coordinación General de Investigación Científica (CGIC) fue creada por el Acuerdo 17 de 1983, teniendo el control y dirección de las distintas dependencias que realizan investigación científica, correspondiéndole promover, fomentar y coordinar la investigación de este tipo en la Universidad de Colima, de acuerdo con los estatutos y reglamentos para el personal académico y de la propia Coordinación General, resultando que por Acuerdo No. 19 de 2014 se modificó su propósito, en consonancia con la normativa institucional y la legislación vigente para la planeación, operación y evaluación de las acciones de investigación, innovación y desarrollo tecnológico.
Así, en el actual periodo rectoral, por el Acuerdo No. 3 de 2022, se contempla su denominación como Coordinación General de Investigación para consolidar y coordinar las actividades en todas las áreas del conocimiento, la incorporación y formación del estudiantado en los distintos proyectos, la modernización de criterios de calidad de los trabajos de investigación, transferencia de tecnología y divulgación científica, así como la formación de investigadoras e investigadores en los programas de posgrado.