La Delegación Regional 3 fue creada mediante acuerdo 13 de Rectoría, con fecha del 23 de febrero de 1985, en respuesta al desarrollo sostenido experimentado por la Universidad de Colima, que hizo necesario la actualización de las estructuras administrativas en apoyo a las funciones de Docencia, Investigación, Difusión de la Cultura y Extensión Universitaria.
Con el acuerdo No. 5 de 1988, se estableció el Reglamento de las funciones de las Delegaciones Regionales de la Universidad de Colima, incluyendo Colima, Manzanillo, Tecomán y Coquimatlán. Posteriormente, con el acuerdo No. 3 de 1996, se creó la Delegación Regional 5 con sede en Villa de Álvarez.
Mediante el acuerdo No. 14 de 2013, se actualizó la estructura organizacional de la Institución, incorporando a las Delegaciones, creadas geográficamente con la finalidad de fortalecer la desconcentración administrativa, escolar, facilitar la comunicación y dar seguimiento al cumplimiento de los fines institucionales.
Con el acuerdo No. 29 de 2018, en marzo de ese año, quedan abrogados los acuerdos No. 5 y No. 3 de 1996, y se ratifica su creación, se actualizan las funciones y la denominación como Delegación Colima de la Universidad de Colima.