La Facultad de Contabilidad y Administración de Colima es la segunda facultad con mayor antigüedad de la máxima Casa de Estudios, fundada en el año de 1962 como Escuela Superior de Contabilidad durante el periodo rectoral del Dr. Salvador González Ventura, quien nombró como primer director al CP. Gonzalo Gómez Gil.
Posteriormente, en 1967 al incorporarse la carrera de administración, cambia de nombre a Escuela de Contabilidad y Administración No. 1. Después de un largo periodo de 23 años, el 22 de abril de 1985 con la apertura de las maestrías en contabilidad y administración de hospitales y mediante el Acuerdo número. 28 de Rectoría, se eleva a rango de facultad, siendo en ese entonces director el CP. Heriberto Arturo Ibáñez Jiménez.
Para el mes de agosto de 1990, se crea la carrera de licenciatura en informática; sin embargo, el 2 de agosto de 1996, la Facultad de Telemática fue creada para ofrecer a la comunidad estudiantil las carreras de ingeniería y maestría en telemática y, por ende, siendo una carrera afín, se incorpora a esa facultad dicha licenciatura.
En 1999, se crea por Acuerdo No. 20 de Rectoría la carrera de profesional asociado en mercadotecnia. Para el año 2004 se separa y se crea la Escuela de Mercadotecnia.
En agosto de 2015, entraron en vigencia los planes de estudio de las carreras de contador público y licenciatura en administración, las cuales a la fecha siguen operando.