La Facultad de Pedagogía fue la primera con esta categoría en crearse dentro la Universidad de Colima; además, es la única que no obstante su origen, pues proviene de una Escuela, siguió un camino independiente, no así otras que se convirtieron solamente de escuelas a facultades. Su antecedente fue la Escuela Superior de Ciencias de la Educación, creada por acuerdo del H. Consejo universitario el 14 de junio de 1974, con el propósito de formar profesoras y profesores para la docencia del nivel medio superior. Esta Escuela inició solo con cursos de verano y más tarde adquirió el sistema escolarizado, conservando además los cursos de verano. La primera licenciatura que ofreció fue la de Ciencias de la Educación. Más tarde se creó la maestría, hecho que justificó y aceleró la creación de una Facultad. Fue así como a partir de esta licenciatura y su maestría surgió el 13 de febrero de 1985 la Facultad de Pedagogía, por acuerdo No. 7 emitido por el rector Humberto Silva Ochoa.
Aunque el acuerdo de creación de la Facultad manifestaba que con la existencia de las Escuelas Normales Superiores ya no era necesario que la Universidad formará docentes en el nivel medio superior, muchos años después y hasta la fecha se siguieron preparando estos. Por otro lado, este acuerdo expresaba que la Universidad requería cada vez más de recursos humanos preparados en el nivel de educación superior y posgrado, para cubrir sus necesidades de docencia, administración e investigación educativa.
La maestría en educación se ofreció en un principio con dos especialidades: administración educativa e investigación educativa; el decreto agregaba sin mayor explicación, que también se ofrecerían: planeación educativa, evaluación educativa y desarrollo educativo, mismas que no llegaron a impartirse.
La Escuela Superior de Ciencias de la Educación siguió atendiendo los cursos intensivos de licenciatura en educación media, con las mismas especialidades y se advertía la posibilidad de que esta Escuela desapareciera o se incorporara a la Facultad, de acuerdo con las circunstancias.
La Facultad inició con 149 estudiantes provenientes de las generaciones que iniciaron entre 1981 a 1984 y con cuatro planes de estudio, que tenían como característica compartir un tronco común dentro de los primeros cuatro semestres, para después optar por las licenciaturas: psicopedagogía, educación superior, planeación y administración educativa y sociología de la educación (esta última nunca tuvo aspirantes por lo que no se abrió). De 1989 a la fecha solo se ha ofrecido la licenciatura en pedagogía con varias reformas al plan de estudios.
La Facultad de Pedagogía muy pronto empezó dentro de la propia Universidad a colaborar en su fortalecimiento y superación, una de sus primeras acciones consistió en revisar los planes de estudio de otras escuelas, la estructura de las materias, los créditos y la duración de estas, dado que había muchas carreras que no estaban registradas en la Secretaría de Educación Pública, lo usual en muchas universidades de ese tiempo.
A la fecha, sus egresadas y egresados se encuentran colocados en diversos ámbitos académicos tanto dentro de la Universidad como en otras instituciones, muchos de ellos ocupando cargos de importancia a nivel directivo.