El 15 de febrero de 1985 mediante Acuerdo No. 09 se crea y norma el funcionamiento de la Tesorería de la Universidad de Colima; dependencia encargada del control de los ingresos y egresos en la institución.
Esta dependencia se crea con los siguientes objetivos:
En el acuerdo No. 30 de 2014, se modifica el propósito de la Tesorería, el cual quedo de la siguiente manera: “asegurar la operación de los procesos de planeación, ejecución, y evaluación de los métodos, técnicas y mecanismos para administrar con eficiencia, eficacia y transparencia los recursos financieros, títulos y valores propiedad de la Universidad de Colima, los que estén bajo custodia y los ingresos extraordinarios que obtengan los planteles, centros, institutos y dependencias por sus actividades, así como generar la información oportuna para la toma de decisiones y la rendición de cuentas en el cumplimiento de los fines institucionales, en consonancia con la normativa institucional y la legislación vigente de la materia” y se denomina como Tesorería General.
En el año 2018 mediante el Acuerdo No. 30, por el que se reforman los artículos del primero al quinto del Acuerdo No. 30 de 2014, y se modifica la denominación para quedar como Tesorería, actualizando sus atribuciones específicas y siendo el vigente actualmente.