La Dirección General de Programación y Control Presupuestal fue creada en 1982 mediante Acuerdo de Rectoría No. 2 y se ratificó la vigencia de la misma mediante Acuerdo No. 3 el día 7 de marzo del año 2008. Asimismo, por Acuerdo 34 de 2014 se abrogó el acuerdo 3 del 2008 y se creó la Dirección General de Servicios Administrativos; uno de sus propósitos fue el de asegurar la operación de los procesos para la presupuestación, programación y ejercicio presupuestal por parte de los planteles, centros, institutos y dependencias universitarias, en consonancia con la normativa institucional y la legislación vigente en la materia.
Para dar cumplimiento al artículo transitorio segundo del acuerdo 20 de 2018 de la Coordinación General Administrativa y Financiera, en el que se ordena la creación de la Dirección de Control Presupuestal y regula su funcionamiento, se expidió el Acuerdo No. 21 de 2018 que crea y norma el funcionamiento de la Dirección de Control Presupuestal a partir del 23 de marzo del año 2018, con la autorización del H. Consejo universitario de la nueva estructura institucional. De tal manera, la Dirección tendrá como finalidad elaborar el presupuesto de ingresos y egresos, así como controlar el ejercicio de los recursos financieros.