La Contaduría General fue creada mediante el acuerdo de Rectoría No. 11, de fecha 18 de febrero de 1985. Posteriormente es incorporada a la Dirección General de Servicios Administrativos cuando el Consejo universitario tuvo a bien autorizar el Acuerdo 14 del año 2013, que establece la estructura organizacional de la Universidad de Colima, la cual incorpora a los planteles, centros e institutos desconcentrados y a las dependencias que constituyen la gestión institucional y que, bajo una perspectiva sistémica, se agrupan en los niveles organizacionales: desarrollo institucional, regulativo, normativo, supervisión y operativo.
Dentro del nivel normativo, mediante Acuerdo No. 34 de 2014, se ratifica la creación de la Dirección General de Servicios Administrativos (DGSA) adscrita a la Coordinación General Administrativa y Financiera.
Para dar cumplimiento al artículo transitorio segundo del Acuerdo No. 20 de 2018 de la Coordinación General Administrativa y Financiera, se ordena la creación de la Dirección de Contaduría y la regulación de su funcionamiento.
Dentro del marco de descentralización administrativa, se hace necesaria la existencia de un órgano que concentre, controle y regule toda información contable generada en las dependencias de la Universidad, para consolidar institucionalmente con base uniforme y que permita su comparación y utilización. Así, mediante Acuerdo 22 de 2018, se crea y norma el funcionamiento de la Dirección de Contaduría.