Los programas de posgrado en la Universidad de Colima inician a principios de los años 80 como una de varias acciones tendientes al fortalecimiento de la Institución y dirigidos específicamente al mejoramiento del profesorado de enseñanza media superior y superior.
Oficialmente, el primer curso de maestría fue inaugurado en el año de 1979, denominado Maestría en docencia universitaria. De este programa, después nombrado Maestría con especialidad en investigación educativa y Maestría con especialidad en administración educativa, egresaron 21 estudiantes en 1985. A partir de entonces la creación de programas de especialidad, maestría y doctorado en diversas áreas del conocimiento (salud, ingeniería, educación y humanidades, ciencias agropecuarias, ciencias sociales, y ciencias naturales y exactas) en diferentes planteles de la Universidad ha ido en aumento, dando respuesta a las demandas sociales de la región.
En principio los programas de posgrado, acogidos por los planteles de educación superior, fueron generados o respaldados por los académicos concentrados en los diferentes centros de investigación, entonces de reciente creación.
La Dirección General de Educación de Posgrado fue creada el 17 de septiembre de 1985 por el acuerdo número 42 de la rectoría, dándose así el reconocimiento institucional a los estudios de posgrado. Los fines y objetivos de este tipo de estudios fueron precisados en el primer reglamento de estudios de posgrado, expedido por el acuerdo de rectoría número 44.
En 1988 la conducción de posgrado fue asumida por la Dirección General de Educación Superior bajo la denominación de Dirección General de Educación Superior y Posgrado (DGESP). La estructura de los planes y programas de posgrado fue mejorada, y la orientación de los mismos tomó un sentido predominantemente profesional.
En 1998 los estudios de posgrado se separan de la DGESP, creándose la Dirección General de Posgrado (DGP), con la infraestructura y recursos humanos necesarios para atender las necesidades del nivel. A partir de entonces la DGP estableció diversas estrategias para aumentar la calidad de los programas. Entre ellas se incluyeron: la evaluación de los programas vigentes para determinar su pertinencia y factibilidad, la revisión de la planta docente, la modificación de la oferta atendiendo las necesidades del mercado laboral y el impulso a la vinculación con la investigación, estrategias que aunadas a otras continúan instrumentándose el día de hoy para avanzar en la consolidación de los estudios a través de la atención al alumnado, a los planes de estudio y al profesorado.
En año 2013 se lleva a cabo la fusión de las Direcciones Generales de Educación Superior y de Posgrado, sustentada en el Acuerdo No. 14 de 2013, en el que se aprueba la estructura organizacional de la Universidad de Colima y que considera a la DGES, en el tercer nivel jerárquico, denominado “normativo”, las atribuciones originalmente establecidas para ambas dependencias fueron integradas en una sola, la Dirección General de Educación Superior, con sus dos divisiones, una para pregrado y la otra para el posgrado.
En octubre del año 2019 se lleva a cabo, nuevamente, la separación del posgrado de la Dirección General de Educación Superior, sustentado en el Acuerdo No. 21 de 2019, en el que se crea la Dirección General de Posgrado, dependiente, ahora, de la Coordinación General de Investigación. En el acuerdo se precisa de la necesidad de la creación de una dependencia cuyas atribuciones atiendan de manera específica este nivel formativo, así como el cambio de coordinación, ya que la investigación y el posgrado son actividades mutuamente incluyentes, cuya convergencia enriquece la calidad académica del posgrado.