La Dirección de Patrimonio Universitario se crea el 15 de noviembre de 1981 mediante Acuerdo del año 1981 por la necesidad de controlar y salvaguardar la propiedad y posesión de los activos fijos y bienes intangibles a disposición de la enseñanza superior, así como su uso y conservación adecuados, dependiendo directamente del C. Rector. El 8 de febrero de 1985, mediante el Acuerdo No. 5 se norma su funcionamiento y se establece como Dirección General del Patrimonio Universitario. Derivado del programa de reforma administrativa implementado por el Lic. Humberto Silva Ochoa, cuyo propósito fue encontrar la mejor y más funcional forma de organización para el desarrollo de las funciones institucionales, la Dirección General del Patrimonio Universitario se fusiona a la Dirección General de Obras Materiales y Servicios Generales mediante el Acuerdo No. 4 de 1988.
El importante crecimiento académico y de infraestructura que la Universidad de Colima registró entre los años 1988 al 2005, impuso la necesidad de definir la metodología para: el registro, uso, control y salvaguarda de la propiedad y posesión de los activos tangibles e intangibles institucionales; por ello, mediante Acuerdos No. 14 y 24 del año 2005, se desincorpora a la Dirección de Patrimonio Universitario de la Dirección General de Obras Materiales y Servicios, y se le otorga la categoría de Dirección General de Patrimonio Universitario y se norma su funcionamiento.
Mediante Acuerdo No. 32 de 2014, se determina nuevamente la incorporación de la Dirección General de Patrimonio Universitario a la Dirección General de Recursos Materiales.
Finalmente, el 23 de marzo de 2018 a través del Acuerdo No. 25 (vigente), derivado de la necesidad de ser eficientes en la administración de los bienes patrimoniales de la Institución, se crea la Dirección General de Patrimonio Universitario, desincorporándola de la Dirección General de Recursos Materiales, dependiente de la Coordinación General Administrativa y Financiera.