Mediante Acuerdo No. 3 de rectoría, el Bachillerato 16 de la Universidad de Colima fue fundado en 1981. Surge debido a la creciente demanda de la población de nivel medio superior del municipio de Villa de Álvarez, Colima, al resultar insuficientes los espacios para estudiantes aceptados en el Bachillerato 4 o en los bachilleratos del municipio vecino Colima. Es así como se comenzaron a habilitar salones vespertinos en las instalaciones del Bachillerato 4 bajo la responsabilidad de una subdirección y una coordinación para, finalmente, ya contando con la población suficiente para integrar un plantel, con base en el artículo 29 de la ley Orgánica se crea el Bachillerato 16 de la Universidad de Colima, con turno vespertino en la ciudad de Villa de Álvarez, Colima.
Los programas educativos que actualmente se ofertan en nuestro plantel son: bachillerato general (BG10), técnico analista programador (AP13) y técnico analista químico (AQ15).