Para el desempeño de sus funciones; la Dirección General del CUBI cuenta con las siguientes áreas de trabajo específicas:
De Desarrollo Humano: que planea, coordina, desarrolla y evalúa acciones que fortalecen el desarrollo humano en la comunidad universitaria.
De Fomento a la Salud: que planea, coordina, desarrolla y evalúa acciones que fomentan la salud física de la comunidad universitaria.
De Desarrollo Familiar: que planea, coordina, desarrolla y evalúa acciones que fortalecen los vínculos familiares y el desarrollo de las familias de la comunidad universitaria.
De Cultura por la Paz: que planea, coordina, desarrolla y evalúa acciones que fortalecen la cultura de la paz en la comunidad universitaria.
De Desarrollo Comunitario: que planea, coordina, desarrolla y evalúa acciones de voluntariado que fortalecen el desarrollo comunitario.
De Atención a la Discapacidad: que coordina acciones que sensibilizan a la comunidad universitaria en materia de discapacidad.
Clínica Universitaria de Atención Psicológica: que se encarga de la evaluación y asesoría psicológica así como el acompañamiento terapéutico a la comunidad universitaria y sociedad en general.