Corría el año 1983 y las necesidades en el puerto de Manzanillo se hacían cada vez más evidentes, las egresadas y egresados de los bachilleratos no tenían opción más que ir a Tecomán, Colima o salir del estado para estudiar una carrera profesional. Si bien ya se tenía la primera opción de estudios superiores en el puerto con la recién apertura de la Escuela Superior de Ciencias Marinas (llamada así en ese año), las necesidades eran más encaminadas a la economía de nuestra ciudad y del puerto.
Es por ello, que, con la inquietud de varias personalidades de esos ayeres, entre los que contamos con el Lic. Ernesto Camacho Quiñones, quien con la ayuda del diputado local Cecilio Lepe Bautista y el presidente municipal Elías Zamora Verduzco hacen las gestiones necesarias para abrir la Escuela de Contabilidad y Administración No. 2. Es entonces que inauguran, el 13 de septiembre de 1983, la entonces gobernadora del estado la Licda. Griselda Álvarez Ponce de León y el entonces rector de la Universidad de Colima, el Lic. Jorge Humberto Silva Ochoa, en las instalaciones del edificio de la Confederación Regional Obrera Mexicana (CROM), la Escuela de Contabilidad y Administración No. 2 (ECA2).
El primer director fue el CP. J. Natividad Flores Ruiz, quien recibió a 34 estudiantes. Para el año de 1984 ya había tres grupos. Por esa razón las instalaciones de la CROM ya no eran suficientes para la demanda de los estudiantes manzanillenses. El campus San Pedrito tuvo entonces que ampliar sus aulas para albergar a las y los estudiantes de esta nueva escuela de nivel superior. Para el año 1988, egresan los primeros seis licenciados y licenciadas en administración y diez contadores públicos.
En este mismo año, ya con 272 alumnos en matrícula, se vislumbran cambios significativos y se concretizan con el nombramiento como director del Lic. José Martín Torres Ríos, y el cargo como coordinador académico es ocupado por el CP. Ricardo Velasco Ibarra.
El crecimiento de la Facultad no se hizo esperar con la nueva dirección a cargo del Lic. Francisco Israel Dávalos de la Mora (18 de febrero de 1993), se crea la carrera de licenciatura en Informática, que abre en agosto de ese mismo año. Para 1994 inicia la oferta de estudios de posgrado, al crear la maestría en administración por la demanda de egresados que ya tenía el plantel y del mercado laboral que exigían un nivel más alto. Con ello, para 1995 con las necesidades de desarrollo empresarial del puerto, en varias áreas de la Industria, y la demanda de nuevas opciones en el campo laboral, se inicia la carrera de licenciatura en comercio exterior.
Es en este año cuando la Escuela de Contabilidad y Administración de Manzanillo se eleva a grado de Facultad, naciendo la Facultad de Contabilidad y Administración 2 (antes ECA2). El 1º de octubre de 1996 se designa director del plantel al Lic. José Martín Torres Ríos por segunda ocasión. El crecimiento del sector portuario y las modificaciones en los esquemas de educación nacional, dan lugar al ofrecimiento de una nueva opción para los estudiantes del puerto, la carrera de licenciatura en comercio exterior que se dividía en dos títulos, el primero de profesional asociado, al cursar durante los dos primeros años y complementando la licenciatura con dos más.
En 1998, el H. Consejo universitario sustituye el “No. 2” por “de Manzanillo” lo que da origen a la ahora FCAM.
El milenio llegó con un nuevo director, el Mtro. Juan Alonso Livas de la Garza, en este periodo la Facultad crece considerablemente en infraestructura tecnológica, gracias a los proyectos presentados por los cuerpos académicos, se asignan recursos considerables para este rubro; de tal modo, se logra un edificio para posgrado con tres salones para clases, un área de cubículos para profesores, un centro de cómputo y un taller de informática.
La Mtra. Ma. Luisa Ruiz Cortés, es nombrada directora de la FCAM y con ella también hay cambios significativos ya que nace la Escuela de Comercio Exterior. Esta última separando a la Licenciatura de Comercio Exterior y la nueva opción de Licenciatura en Aduanas de la FCAM. Además, durante este periodo directivo se actualizaron los docentes en el ámbito disciplinar, asistiendo a talleres, cursos, diplomados y congresos tanto dentro como fuera del país.
El 1 de marzo de 2009, se nombra director del plantel al Mtro. Mario de Jesús Naranjo González y, en ese mismo año, se reestructura el organigrama de la Facultad así por primera vez hay un subdirector y jefe de carrera para cada programa: de contador público, administración de empresas e informática administrativa. Gracias a los recursos del PIFI 3.3 se logró la gestión y construcción y equipamiento de los baños para estudiantes, cubículos para PTC, así como la ampliación y equipos de cómputo para el centro de cómputo alterno y taller de informática, impresoras, escáneres y mobiliario para el equipamiento de una segunda aula de aprendizaje basado en problemas (ABP).
El 27 de junio de 2014, se nombra director del plantel al Mtro. Iván Salvador Rubio Hernández, y de subdirector recibe el nombramiento el Mtro. Héctor Damián Ramírez Flores. En 2015, recibe el nombramiento de subdirectora la Mtra. María Guadalupe Torres Bonilla.
El martes 10 de abril del 2018, se nombra director del plantel al Mtro. Luis Octavio Ríos Silva. En el año 2019, con la donación de una empresa de Manzanillo, se instaló el laboratorio de medios digitales, cuya infraestructura servirá para la creación de contenidos de audio, video y fotografía, el laboratorio fortalecerá la licenciatura de gestión de negocios digitales. En 2020, recibe el nombramiento de coordinadora académica la Mtra. Ángela María Rivera Martínez.
El 2 de mayo de 2022, se nombra como directora del plantel a la Mtra. Elizabeth Sofía Alonso Hernández.