Uno de los elementos esenciales en la aplicación y evaluación del Programa Educativo vigente es el trabajo que realizan las Academias de esta Unidad Académica, a partir de los ejes curriculares: Teórico Conceptual, Procuración y Administración de Justicia, Asesoría, Consultoría y Atención de Controversias Jurídicas, Investigación, Optativa y Formación Integral. El desarrollo del trabajo al interior de las Academias es colaborativo e intersemestral entre los docentes, ello de acuerdo a la trayectoria académica indicada en el Plan de Estudios D903.
Cada Academia, realiza sesiones ordinarias, mismas que se llevan a cabo en tres ocasiones durante el semestre, con la finalidad de analizar las diferentes problemáticas tanto en la implementación del Plan de Estudios, como en el proceso de enseñanza-aprendizaje en el aula de clases, así como en el trabajo independiente, revisión de las planeaciones didácticas, diseño de rúbricas de evaluación y homologación de los contenidos programáticos para los distintos grupos en los que se imparte la misma asignatura.
Aunado a ello, las Academias identifican áreas de oportunidad, como la capacitación de docentes en el área pedagógica, especialmente, en el enfoque en competencias, así como integrar el método del caso en las planeaciones.
Actualmente en la Facultad de Derecho de la Universidad de Colima, existen conformadas 5 Academias, que a continuación se describen.