La Unidad de Enlace fue creada mediante Acuerdo No. 7 de 2004, de fecha 5 de marzo de dicho año, para cumplir con las disposiciones establecidas en la Ley Federal de Transparencia y Acceso a la Información Pública Gubernamental que fue publicada en el Diario Oficial de la Federación el 11 de junio de 2002, así como lo establecido en la Ley de Transparencia y Acceso a la Información Pública del Estado de Colima, la cual fue publicada en el Periódico Oficial "El Estado de Colima" el 28 de febrero de 2003.
La Unidad de Enlace se encontraba ubicada en la calle Zaragoza #64, colonia Centro, donde se mantuvo en funcionamiento por 15 años.
Debido a que la ley reglamentaria en materia de transparencia a nivel nacional es actualmente la Ley General de Transparencia y Acceso a la Información Pública, publicada en el Diario Oficial de la Federación el 4 de mayo de 2015, la dependencia contempló varios cambios, entre los cuales se encuentra el cambio de nombre de Unidad de Enlace a Unidad de Transparencia; asimismo, la Ley Estatal en la materia y la Ley General de Protección de Datos Personales en posesión de los Sujetos Obligados y su correlativo a nivel estatal, contemplan el nombre de Unidad de Transparencia, por lo tanto, y a fin de que la Universidad de Colima como Sujeto Obligado estuviera alineado con las leyes que regulan el derecho de acceso a la información y a la protección de los datos personales y con el objeto de dar mayor impulso al derecho de acceso a la información pública así como a la protección de los datos personales, se modificó el nombre a Unidad de Transparencia y protección de Datos Personales mediante Acuerdo No. 3 de 2022, de fecha 7 de abril del mismo año 2022.
A partir de la creación de la Unidad de Enlace, actualmente denominada Unidad de Trasparencia y Protección de Datos Personales, los titulares de esta dependencia han sido: