Definidas como instancias operativas de la Contraloría General, responsables de los procesos de auditoría, visitas de inspección, revisiones, validaciones, entregas-recepciones, entre otras, en las unidades organizacionales universitarias adscritas a la Delegación correspondiente.
Contraloría en la Delegación Colima
Contraloría en la Delegación Coquimatlán
Contraloría en la Delegación Manzanillo
Contraloría en la Delegación Tecomán
Contraloría en la Delegación Villa de Álvarez