Asimismo, la Contraloría General tiene presencia en todos los campus de la Institución, a través de las Contralorías ubicadas en las oficinas de las Delegaciones. A excepción de Colima, la cual se sitúa en las oficinas de la Contraloría General.
Contraloría de Manzanillo
Contraloría de Tecomán
Contraloría de Colima
Contraloría de Coquimatlán
Contraloría de Villa de Álvarez