El entonces Rector Lic. J. Humberto Silva Ochoa en uso de sus facultades, presenta el 26 de enero de 1985 ante el H. Consejo Universitario, el Acuerdo No. 3, en el cual se crea a la Contraloría General de la Universidad de Colima, atendiendo la reestructuración de la organización administrativa universitaria, teniendo como objetivos institucionales contribuir a la modernización de los sistemas de control; promover la racionalidad en el manejo y aplicación de recursos humanos, materiales y financieros; así como prevenir y combatir las irregularidades en la operación de los sistemas administrativos y financieros de la Universidad.
El 4 de noviembre de 2014, el Mtro. José Eduardo Hernández Nava, Rector de la Universidad de Colima emite el Acuerdo 14, por el que se derogan y modifican diversos artículos del Acuerdo 3 de 1985, con la finalidad de fortalecer las acciones que permitan evaluar el desempeño a los planteles, centros, institutos y dependencias de la Universidad de Colima, para que contribuya al mejoramiento de los niveles de eficiencia, eficacia y racionalidad de su gestión, de conformidad con sus programas de trabajo y con base en la normatividad universitaria
Asimismo, el 23 de marzo de 2018, se emite el Acuerdo No. 27 por el que se abroga el Acuerdo No. 14 de 2014 y se actualizan las facultades, obligaciones y atribuciones de la Contraloría General, para dar puntual cumplimiento a la normativa federal, estatal e institucional.
A partir del 29 de marzo de 2019, con el Acuerdo No. 1, se establece a la Contraloría General como el Órgano Interno de Control de la Universidad de Colima, de conformidad con los términos expuestos por la Ley General de Responsabilidades Administrativas, la cual para el desempeño de sus funciones se integraría por la Dirección de Evaluación y Control y la Dirección de Investigación.
En la presente administración, el Dr. Christian Jorge Torres Ortiz Zermeño, Rector de la Universidad de Colima, el 4 de julio de 2022, emite el Acuerdo No. 22, por el que se actualiza la definición y funciones de la Dirección de Investigación de la Contraloría General de la Universidad de Colima, derivado de la emisión del Código de Ética de las personas servidoras públicas de la Universidad de Colima y de los Lineamientos de Integración y Funcionamiento del Comité de Ética y Prevención de Conflictos de Interés de la Universidad de Colima.