La Dirección General de Educación Media Superior (DGEMS) tiene su origen en el Acuerdo 40 de 1985, mediante el cual se creó la entonces Dirección General de Educación Media Superior y Terminal. Posteriormente, mediante el Acuerdo 24 de 2000, se modificó su denominación para quedar como Dirección General de Educación Media Superior.
En 2014, la Universidad de Colima realizó una actualización de su estructura organizacional con el propósito de fortalecer el funcionamiento institucional, precisar atribuciones, evitar duplicidad de funciones y mejorar la coordinación entre dependencias. Como resultado, se reformó el acuerdo de creación de la DGEMS para adecuarlo a las necesidades actuales de planeación, operación y evaluación de la educación media superior universitaria.
De acuerdo con el acuerdo reformado, la DGEMS tiene como propósito asegurar la operación de los procesos de planeación, operación y evaluación de los métodos, técnicas y mecanismos del proceso de enseñanza-aprendizaje que se desarrolla en los planteles de educación media superior de la Universidad de Colima, en apego a la normativa institucional y a la legislación vigente.