La Dirección General de Educación Superior (DGES) fue creada en 1985 mediante el Acuerdo No. 41, el cual, en su considerando sexto, refiere que “es necesario que exista una dependencia […], cuya ocupación fundamental sea dirigir y supervisar el funcionamiento de los planteles de educación superior…” y en su artículo cuarto señala que esta será una dependencia de la Coordinación General de Docencia.
Con el Acuerdo No. 20 de 2019, por el que se deroga el Acuerdo 23 de 2014, se ratifica la creación de la Dirección General de Educación Superior y se actualizan sus atribuciones.