La Dirección General de Recursos Humanos tiene como antecedente a la Dirección General de Registro y Control del Personal, creada por el Lic. J. Humberto Silva Ochoa, quien en su carácter de rector interino, recibió la aprobación del H. Consejo Universitario para transformar los departamentos de la estructura organizacional de la Universidad, destacando entre esas transformaciones la de la dirección General de Registro y Control de Personal, como consta en el Acta No. 68 del H. Consejo Universitario del 24 de noviembre de 1979.
Al asumir el cargo como rector de la Universidad de Colima, el Lic. Humberto Silva Ochoa coordinó la transformación del marco jurídico, la organización y la operación universitaria. Como resultado de los trabajos implementados, el 28 de febrero de 1985, mediante el Acuerdo de Rectoría No 17, se creó la Dirección General de Recursos Humanos. Asimismo, en 1988, como parte de la política de desconcentración y simplificación administrativa, se fusionó la dirección general de Bienestar Social con la de Recursos Humanos.
Durante el 2013, como parte del reordenamiento organizacional universitario y con la finalidad de contribuir a lograr una educación con responsabilidad social, el entonces rector de la Universidad de Colima, Mtro. José Eduardo Hernández Nava, en el ejercicio de sus facultades contempladas en la Ley Orgánica de la institución, decretó que la Dirección General de Recursos Humanos deberá dirigir sus esfuerzos a garantizar la dignificación, profesionalización, desempeño ético, concordia y armonía en las relaciones laborales, a fin de lograr niveles más altos de competitividad y efectividad en la calidad de vida de las trabajadoras y los trabajadores, en el cumplimiento de los fines institucionales.