Nuestra Facultad se creó el 25 de Junio de 1980 con el nombre de Escuela Superior de Ciencias Químicas, utilizando en esa época las instalaciones de la Facultad de Ingeniería Civil, en el campus Universitario de la Ciudad de Colima. Dos años después, cambia su ubicación a lo que anteriormente era el Ingenio San Rafael para ser los primeros colonizadores del Campus Universitario de Coquimatlán. Las carreras que se ofrecían en los inicios de nuestra facultad eran Químico Farmacéutico Biólogo, Ingeniero Químico en Alimentos, Ingeniero Químico Metalúrgico e Ingeniero Químico.
El primer director de la entonces escuela fue el Ing. Metalúrgico Juan Enrique Gutiérrez Moreno, quién durante dos periodos administrativos estuvo al frente del plantel. Continuaron en la Dirección el Q.F.B. Salvador Rodríguez Huerta, el Ing. Jorge Ordaz Martínez, la M.C. Bertha Cárdenas Zamora, el M.C. Santiago E. Velasco Villalpando, la M.C. Laura Virginia Madrigal Ambriz, la I.Q.M. Ma. Antonia Carbajal García, el M.C. Daniel Jaramillo Cano y actualmente la director de la Facultad es la D. C. Ana Lilia Peraza Campos. Al inicio, cuando la Escuela se cambió a la Delegación 4 en Coquimatlán, se solía decir con sentido del humor, que Ciencias Químicas era la única Escuela con Ingenio, debido a que se utilizaron las antiguas instalaciones de éste como aulas y las bodegas como laboratorios. Fueron tiempos heroicos, de sacrificios, considerando las carencias normales de todo inicio.
En aquel entonces, las autoridades de la Universidad y alumnos gestionaron ante la entonces gobernadora del Estado, Lic. Griselda Álvarez Ponce de León, la rehabilitación de las instalaciones del Ingenio para nuestra Facultad. Así mismo, aprovechando la visita del entonces candidato a la Presidencia de la República, el Lic. Miguel de la Madrid Hurtado a este campus, se obtuvieron los terrenos de éste ahora patrimonio de la Universidad, dirigiendo las gestiones el entonces Rector Lic. Jorge Humberto Silva Ochoa, que propició y alentó el nacimiento de nuestra facultad.
En diciembre de 1989, se logró que la Escuela de Ciencias Químicas diera un cambio cualitativo convirtiéndose, por Decreto del Honorable Consejo Universitario, en Facultad de Ciencias Químicas, durante el periodo rectoral del Lic. Fernando Moreno Peña. En febrero de 1990 se inició la Maestría en Metalurgia. Sin embargo, no fue sino hasta el año 2004, cuando a través de las gestiones del rector Dr. Carlos Salazar Silva, se creó el Programa de Doctorado en Ciencias Químicas, principal promotor del quehacer científico de nuestra gran Facultad de Ciencias Químicas.
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