La Contraloría General de la Universidad de Colima es la instancia universitaria encargada de promover medidas preventivas y correctivas en el desempeño de las unidades organizacionales universitarias en el marco de racionalidad, legalidad, trasparencia y rendición de cuentas, así como fungir como el Órgano Interno de Control de esta casa de estudios en los términos de lo dispuesto en la Ley General de Responsabilidades Administrativas.

La Contraloría General de la Universidad de Colima, dentro de sus actividades tiene como propósito el dar seguimiento al control, evaluación y desarrollo administrativo de la Universidad, de conformidad con la legislación federal, estatal y normativa universitaria vigente; contribuyendo en el programa sectorial de Gobernanza Institucional, coadyuvando en garantizar el seguimiento financiero a los programas presupuestarios, realizando un análisis periódico de control interno y revisando la información administrativa, patrimonial y financiera de las unidades organizacionales.

Para el desempeño de sus funciones, la Contraloría General se encuentra integrada por la Dirección de Investigación de Obligaciones Administrativas, así como las Contralorías en las Delegaciones

Para el desempeño de sus funciones, la Contraloría General se encuentra integrada por: