El proceso de planeación acompaña el desarrollo de la Universidad de Colima desde su nacimiento. De 1940 a 1976 fue considerada como una de las funciones de Rectoría, realizada con el apoyo del personal responsable de los departamentos de servicios escolares y control de personal y presupuestal, entre otros.
En 1977, se crea el Departamento de Planeación y a partir de 1979 se eleva al rango de dirección general. Este proceso se vio fortalecido con la incorporación de la Universidad al Sistema Nacional de Planeación Permanente de la Educación Superior y con ello a:
En el año de 1985, mediante el Acuerdo 14 de Rectoría, se creó la Dirección General de Planeación y Desarrollo Institucional (DGPDI), sustituyendo a la Dirección General de Planeación, con el propósito de contribuir a la previsión y toma de decisiones sobre el desarrollo de la Universidad.
Para 1997, se implementó el modelo de planeación estratégica participativa en la Universidad de Colima; el primer producto generado bajo esta modalidad fue el Plan Institucional de Desarrollo 1998-2001, precisamente en el último año de vigencia de esta propuesta se estableció el Programa Nacional de Educación 2001-2006 (PNE 2001-2006), que consideró como uno de sus principales retos: “la necesidad de establecer y operar un nuevo esquema de planeación y coordinación de la educación superior”, aunado a esto, con el PNE 2001-2006 se lanzó la primera convocatoria del Programa Integral de Fortalecimiento Institucional (PIFI 1.0), convirtiéndose, a la postre, en uno de sus principales mecanismos de operación.
La convergencia temporal entre el PNE 2001-2006, el PIFI, el Plan Institucional de Desarrollo (PIDE) 1998-2001 y la construcción de PIDE 2002-2005, permitieron generar una importante sinergia con las políticas nacionales y establecer mecanismos para la mejora del proceso de planeación y la formulación de proyectos que faciliten el cumplimiento de la misión y logro de la visión institucional.
Para octubre de 2014, mediante Acuerdo No. 15 de 2014, se reformaron los artículos del primero al quinto y se derogan la denominación y organización en capítulos y los artículos sexto y séptimo del Acuerdo No. 14 de 1985 que creó a la DGPDI, siendo en el artículo quinto del nuevo acuerdo en donde se describieron sus atribuciones específicas.
Con la finalidad de fortalecer el funcionamiento institucional, el 23 de marzo de 2018, mediante Acuerdo No. 28, se reformaron los artículos primero al quinto del Acuerdo No. 15 del 2014, actualizando las facultades y atribuciones de la DGPDI.
El 13 de septiembre de 2021, dada la aprobación por el H. Consejo Universitario de una nueva estructura organizacional, la Dirección General de Planeación y Desarrollo Institucional cambió a ser Coordinación de Planeación y Desarrollo Institucional (CPDI), estableciéndose sus facultades, obligaciones y atribuciones, mediante Acuerdo No. 10 de 2021.
A finales de 2021, se aprueba mediante el H. Consejo Universitario, el Plan Institucional de Desarrollo 2022-2025, integrando la metodología de marco lógico a la planeación estratégica, atendiendo con ello los criterios establecidos por la administración pública, de realizar una planeación participativa y basada en resultados, como una de las características principales para un adecuado seguimiento del desempeño, evaluabilidad y rendición de cuentas.