La Contraloría Social es una instancia universitaria de gestión que se crea en el 2009, con el propósito de atender el compromiso de las instituciones públicas de educación superior y a lo dispuesto en la Ley General de Desarrollo Social, de verificar que todas sus acciones se realicen de cara a la sociedad y como parte de la nueva cultura organizacional de los universitarios colimenses, la cual está basada en los principios fundamentales de honestidad, transparencia, equidad de género y rendición de cuentas.
Por lo anterior, se convierte en un mecanismo de las y los beneficiarios para que, de manera organizada, por medio de comités de contraloría social, se verifique el cumplimiento y seguimiento de las metas y aplicación de los recursos públicos asignados a los programas federales de desarrollo social.
Desde su inicio a la fecha, se han constituido comités en cada uno de los programas de desarrollo social que benefician a la Universidad de Colima, tales como: Programa de desarrollo de personal docente de tipo superior (PRODEP), Programa de fortalecimiento en las instituciones educativas (PROFOCIE) y Becas Manutención.
En dichos comités se ha contado con la participación de docentes y estudiantes, los cuales, por medio de la dirección del responsable de la Contraloría Social, han llevado a cabo las acciones de vigilancia y seguimiento que coadyuvan a la operación óptima de los recursos.