El Comité de Contraloría Social del PRODEP tienen la función de vigilar que se difunda información suficiente, veraz y oportuna sobre la operación del programa, registrar en los informes los resultados de las actividades realizadas, recibir quejas y/o inconformidades sobre la ejecución del programa, promoviendo la transparencia y rendición de cuentas en la aplicación de los recursos.
Este comité está integrado por profesores de tiempo completo que representan a los cinco campus universitarios.