El Comité de Contraloría Social del PRODEP se encarga de asegurar la transparencia, eficiencia y legalidad en la ejecución del programa, lo cual abarca la difusión oportuna y veraz de su operación, la verificación del ejercicio transparente y apegado a la normativa de los recursos públicos, y el cumplimiento de los requisitos por parte de los beneficiarios. Sus funciones también incluyen asegurar la correcta documentación comprobatoria del gasto y la entrega de beneficios, garantizar el cumplimiento de los servicios y períodos de ejecución, prevenir el uso del programa con fines políticos o de lucro, y promover un marco de igualdad entre mujeres y hombres, además de vigilar que las quejas y denuncias sean debidamente atendidas por las autoridades competentes.