A 81 km de la Rectoría se encuentra la Delegación Manzanillo, sus características geográficas que la ubican como la más lejana respecto al campus central, propiciaron que en el año de 1982 fuera la primera Delegación en crearse en la Universidad de Colima; su propósito era responder a través de la descentralización y simplificación administrativa a un crecimiento exponencial que iniciaba en nuestra Institución. Actualmente, cuenta con cinco campus: El Naranjo, San Pedrito, Valle de las Garzas, Santiago y El Colomo, en cuya adscripción están distribuidos los bachilleratos 8, 9, 10, 14, 23, 27 y 28, así como la Escuela Técnica de Enfermería, las facultades de; turismo y gastronomía, comercio exterior, contabilidad y administración de Manzanillo, ingeniería electromecánica y ciencias marinas que ofertan más de 20 carreras dentro de sus ramas de conocimientos. También en su adscripción se encuentran: el Centro Universitario de Investigaciones Oceanológicas, el Centro Universitario de Bellas Artes de Manzanillo, Centro Especializado de Idiomas, el Centro de Tecnología Educativa, el Polideportivo Universitario, así como las bibliotecas de ciencias marinas “Ernesto Camacho Quiñones” y Valle de las Garzas.

Cumpliendo con el origen de su creación, la Delegación Manzanillo contribuye a la simplificación administrativa a través de la agilización de trámites, supervisiones financieras, escolares, y patrimoniales, así como capacitaciones y asesorías a los planteles y dependencias de su jurisdicción; con ello, se garantiza que la actividad administrativa se desarrolle en el cumplimiento de la normativa universitaria y dentro de un marco institucional de transparencia. De manera especial, se resalta que los tiempos actuales implican construir vínculos entre las universidades y el sector productivo y social, y considerando que el puerto de Manzanillo es una fortaleza económica para nuestro estado, la Delegación Manzanillo promueve la convergencia con instituciones y empresas; así, impulsamos un círculo virtuoso en donde los conocimientos que se generan en nuestras aulas se aplican en un escenario inmediato, real y práctico que se tiene en las empresas, retroalimentándonos también en lo que el entorno requiere, para contribuir en el desarrollo de nuestra Institución, del puerto, del estado y de nuestro país.