La Facultad de Ciencias se fundó en 1994 con la misión de participar activamente en la formación de recursos humanos que generen conocimiento nuevo. Tiene el propósito de orientar a los estudiantes a una carrera científica apoyándose en los recursos de la Universidad de Colima para realizar investigación, con investigadores en diferentes áreas del conocimiento que están al tanto de los adelantos científicos y tecnológicos.
En el año 2002, se crearon las licenciaturas en Física y Matemáticas. En el año 2007, se fundó la Licenciatura en Ciencia Ambiental y Gestión de Riegos.