En sesión ordinaria del H. Consejo universitario de la Universidad de Colima, celebrada el 25 de junio de 1976, se acordó crear la Escuela de Medicina con la finalidad de responder tanto a la demanda que existía a nivel local de contar con una carrera de este tipo como al propósito de formar recursos humanos que contribuyeran a resolver los problemas de salud del estado.
En el acta se asentó que el rector de la Universidad de Colima, en ese tiempo el Lic. Alberto Herrera Carrillo, quedaba facultado para hacer los nombramientos académicos y los trámites administrativos que permitieran que la Escuela de Medicina comenzara a funcionar en enero de 1977. Inicialmente, se adoptó el plan de estudios de la Facultad de Medicina de la Universidad de Guadalajara, y los cursos iniciales de la primera generación (1977-1983) fueron impartidos por médicos enviados por esa institución. Este plan fue modificado en tres ocasiones y, a partir de 1982, comenzó a operar un plan de estudios propio, denominado MD.
El 30 de noviembre de 1985, la Escuela se elevó al rango de Facultad de Medicina por acuerdo del H. Consejo Universitario presidido por el rector, el Lic. Humberto Silva Ochoa, al ofrecer estudios de posgrado. De esta forma, inició una maestría en atención médica y administración de hospitales y, el 19 de diciembre de 1986, se abrieron los programas de maestría y doctorado en ciencias, con especialidad en farmacología y fisiología, para ser operados en colaboración con el Centro Universitario de Investigaciones Biomédicas (CUIB). En ese mismo año, el plan MD fue revisado dando como resultado el plan M2 para la licenciatura de médico cirujano y partero, mismo que cambió al plan Z1 en 1992 al agregar el inglés como asignatura obligatoria en todos los semestres. La Facultad de Medicina siguió operando bajo este plan, continuó también creciendo en infraestructura y en logros académicos que resultaron en su acreditación por parte de la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina (AMFEM), el 7 de febrero de 1997, en virtud de haber cumplido con los estándares de calidad establecidos por la asociación mencionada. Después de estar vigente durante 14 años el plan de estudios (MD-Z1), se realizó al interior de la Facultad un interesante proceso de autoevaluación para diagnosticar las fortalezas y debilidades en el proceso de formación de los médicos generales. En esta autoevaluación participaron estudiantes, docentes, egresadas y egresados, funcionarios y empleadores. El diagnóstico final llevó a la decisión conjunta de hacer un cambio curricular que no solo modificara o adecuara lo que se había hecho en el pasado, sino que tomara en cuenta las declaraciones e informes de foros internacionales sobre la educación superior que delineaban cómo debería ser el profesional médico en el futuro, con una visión hacia el siglo XXI.
De acuerdo con esto, se elaboró un currículo innovador centrado en el aprendizaje (o centrado en el estudiante) denominado currículum integrado con clave M901, el cual estuvo vigente desde agosto de 1999 hasta el año 2009.
En este currículo, el o la estudiante ya no se visualiza como un receptor de la información emitida por el docente, sino que se constituye en un sujeto activo y responsable de su aprendizaje. Por otra parte, el docente juega un papel de facilitador del aprendizaje apoyando a las alumnas y los alumnos de una manera tutorial. Se pretende que el estudiante aprenda a aprender (y que, obviamente, aprenda a pensar). Se adoptó la metodología del Aprendizaje Basado en Problemas (ABP) como elemento clave para lograr un aprendizaje significativo (en oposición al puramente memorístico), en el que el proceso de evaluación es predominantemente formativo.
Actualmente, la Facultad de Medicina de la Universidad de Colima se distingue por su programa innovador, su moderna infraestructura (Centro Interactivo de Aprendizaje Multimedia [CIAM], Laboratorio de Habilidades, Aula Virtual, Laboratorios de enseñanza e investigación), la competencia de sus docentes, personal directivo y administrativo y el compromiso de sus estudiantes por lograr una formación de excelencia. En el mes de febrero de 1997, la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina A.C (AMFEM) otorgó a la facultad la primera acreditación como un programa de calidad.
El Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica A.C. (Comaem), organismo acreditador autorizado por el Consejo para la Acreditación de la Educación Superior (Copaes), otorgó a la Facultad de Medicina la primera acreditación por cinco años, estando vigente desde el 10 de diciembre 2003 hasta abril del 2008.
En total, se han logrado consecuentemente tres acreditaciones por el Comaem, siendo la última en el año 2015 con vigencia hasta el 2020.
A la fecha, la Facultad de Medicina posee programas educativos de posgrado que se han ido fortaleciendo, muestra de ello es que los posgrados de ciencias fisiológicas (maestría y doctorado) y ciencias médicas (maestría y doctorado) que se imparten en colaboración con el Centro de Investigaciones Biomédicas de nuestra Universidad, se encuentran en el Padrón Nacional de Posgrado acreditados por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt).
Además, desde de marzo de 2002 están operando ocho especialidades médicas en colaboración con la Secretaría de Salud del Estado de Colima (pediatría, ginecología y obstetricia, cirugía general, anestesiología y medicina interna, traumatología y ortopedia, y medicina Integrada) además de la especialidad de medicina familiar fundada en 1999 en colaboración con el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS).
En agosto del año 2008 iniciaron las actividades académicas de la primera generación de estudiantes de la licenciatura en nutrición. Esta nueva carrera busca la formación de profesionales de la nutrición con una visión humanística, científica y ética; mantiene el enfoque pedagógico ya probado (basado en problemas), pero es fortalecida también por la adición de nuevas modalidades de aprendizaje como el de análisis de casos. Además, se establecieron en ella asignaturas disciplinarias formales, que apoyan el abordaje de los problemas en materias integradoras; se insertan asignaturas complementarias, que son compartidas con alumnado de otras carreras (incluyendo la de medicina), así como otras asignaturas optativas que ofrecen temas relativos al desempeño profesional de calidad, la salud pública, el desarrollo de liderazgos y el respeto al medio ambiente.
A finales del año 2008, fueron reacreditados dos programas educativos de posgrado: tanto la maestría como el doctorado en ciencias médicas se mantuvieron en el Padrón Nacional de Posgrado de Calidad (PNP-C) del Conacyt.
En agosto del 2009, el estudiantado de la carrera de médico cirujano y partero inició con un nuevo plan educativo: el M903. El llamado currículum 2009 reincorpora de manera formal las ciencias básicas durante el primer año, formaliza la calendarización de recursos educacionales (como conferencias, prácticas de laboratorio y de habilidades), coordinados cronológicamente de acuerdo a los problemas abordados en los procesos de discusión tutorial. También reordena las asignaturas observando un enfoque basado en la homeostasis del organismo ante su medio ambiente y deja las bases para un posterior viraje a un currículum basado en competencias. La transición hacia este nuevo plan obligó a adecuaciones en horarios y formas de organización de los procesos educativos, se mejoró el material de apoyo para el programa mediante guías modulares más modernas en su diseño y sirviendo de apoyo al desarrollo humanístico de las y los estudiantes del nivel licenciatura. En el año 2010 se reestructuran también, tanto la maestría como el doctorado en ciencias fisiológicas, con el fin de fortalecer la aportación de asignaturas complementarias al desarrollo de los trabajos de investigación y continuar así dando las condiciones necesarias para su mantenimiento en el PNP-C de Conacyt. Las gestiones realizadas ante el Programa Integral de Fortalecimiento Institucional (PIFI) así como el apoyo y las gestiones de la propia Universidad de Colima hicieron posible el crecimiento en infraestructura del plantel. Se ampliaron laboratorios de investigación, se construyó un cuarto frío, se remodelaron laboratorios y se hicieron adecuaciones a lo que serán cubículos para docentes de tiempo completo. En el año 2010 se inauguró el edificio de la licenciatura en nutrición y se inició la construcción de aulas para la carrera de médico cirujano y partero que se terminaron a principios del año 2011.
Hace casi 40 años inició actividades la Facultad de Medicina de la Universidad de Colima, y a 33 años de la titulación de su primera generación, la Facultad avanza hacia el cumplimiento de su Misión, el logro de su Visión y por lo tanto, al aseguramiento de la calidad en la formación de sus estudiantes, habiendo posicionado a un buen número de sus egresadas y egresados en cargos importantes a nivel estatal, regional y nacional, desempeñándose tanto en los campos clínicos, la investigación, la docencia y en cargos públicos relacionados con la salud del estado de Colima.