Desde la época moderna de la Universidad de Colima, en 1980, la Secretaría General se ha constituido como la instancia a la que se le confiere la segunda autoridad de la institución.
En el Acuerdo No. 12 de 2014 se establecen con claridad sus funciones, además de algunas atribuciones que están expresamente señaladas en la Ley Orgánica de la Universidad de Colima, máximo ordenamiento de la organización.