Las instalaciones de Secretaría General de la Universidad de Colima se encuentran ubicadas en Campus Central, en el segundo piso del edificio de Rectoría.
La unidad organizacional se integran por: - Recepción - Oficina de la persona titular - Dos oficinas compartidas para personal administrativo - Dos cubículos para personal administrativo
Además de estos espacios, se encuentra la oficina de Protección Civil Universitaria, ubicada en el primer piso del Edificio Administrativo (donde se ubica la Dirección General de Administración Escolar). Esta oficina se encuentra físicamente dentro de las instalaciones del departamento de Desarrollo Humano del Centro Universitario de Bienestar Integral, y cuenta con:
- Oficina de la persona responsable del área - Sala de juntas y oficina adjunta de los responsables de la Brigada Universitaria de Protección Civil