Inicia oficialmente el 15 de octubre sus labores administrativas lo que a partir de febrero de 1981 sería la Escuela Superior de Ciencias Marinas (ESCIMAR). La Secretaría de la Defensa y Marina (SEDEMAR) también autorizó el uso de la infraestructura del Instituto Oceanográfico de Manzanillo (IOM) para el inicio de labores, mientras se construían las instalaciones de la misma.
En 1982, en cooperación con el IOM y Oregon State University, se llevó a cabo el taller latinoamericano en Ciencias Marinas II, en el cual se diseñaron las currículas para las carreras de ingeniería oceánica y administración de los recursos marinos.
El entonces Rector de la UdeC autorizó la creación de estas dos nuevas carreras, previos los estudios correspondientes de factibilidad y perfil del egresado. Ingeniería oceánica se inició en agosto de 1982 y administración de recursos marinos en febrero de 1984.
En 1984, se construyeron las primeras aulas de ESCIMAR en los actuales terrenos del ejido de El Naranjo. En febrero de 1985 toda la escuela funcionaba ya en lo que ahora se conoce como El campus El Naranjo de la Universidad.
En 1990, con la creación de la Maestría en Ciencias en Acuacultura, ESCIMAR fue elevada al rango de Facultad (FACIMAR).
A través de los años, la currícula se ha mantenido dinámica y los planes de estudios han cambiado. Actualmente, los programas académicos base siguen siendo tres: licenciatura en oceanología, ingeniería oceánica y la licenciatura en administración de recursos marinos.